纯净水是一种特殊的产品，一旦受到少数微生物污染，就可能超标，甚至出现絮状沉淀等后果。因此控制微生物污染是生产企业一项非常重要的工作。保定康达水业分析表明，控制纯净水微生物污染的措施应该是综合性的，不能过分强调某一方面，而忽视了其他方面，因为生产过程中任何一个环节受到污染，都会影响产品的质量。

加强自身卫生管理，强化食品卫生质量意识，指定一名领导负责卫生工作，设立专职卫生检验机构，加强对水源、包装物、灌装间空气和产品检测，制订从水源管理、杀菌、灌装、包装到个人卫生各环节的卫生管理制度，并指定专人监督实施，加强食品卫生知识的培训学习，重点掌握消毒方法和明确微生物容易污染关键环节。

根据水源的特点，合理、科学地设计生产流程，配备必要的水处理和生产设备，选择符合水消毒的灭菌系统。我国矿泉水和纯净水多使用紫外线、超滤和臭氧作为除菌和消毒杀菌设施。但多年的经验证明前两种可靠性差，是造成产品不合格的主要因素，而采用臭氧杀菌被认为是目前的方法。

定期加强对生产全程的管道，容器和过滤器等有关设施的清理和消毒，做好瓶、盖和灌装间的消毒工作。据了解多数厂家的管道和包装物的消毒采用二氧化氯(ClO2)，该药物具有很强的氧化和消毒作用，但要加强对消毒药物的质量监控，保证其消毒效果。