自来水烧开后，细菌和病毒的尸体还在水里，进入人体后即成为医学上所说的“热源体”，临床上常见的“无名热”多源于此。保定康达水业介绍自来水在消毒的过程中使用了氯制剂，水中残留的氯与有机物反应生成致癌物质三氯甲烷，烧开后三氯甲烷的致癌性会提高4倍。

钙与二氧化碳发生反应生成碳酸钙沉淀致人结石。细胞因缺氧而变形也是致癌的重要原因，凉开水不能用来浇花养鱼。部分有毒有害物质如重金属离子、化学污染物等并不会因为水烧开而消失。自来水烧开饮用是我国人民的饮水习惯，水烧开后可以杀死一些细菌微生物，这是古人们解决生物污染的良策，但是对于今日受污染的水源就不是那么适用了。

中国医促会健康饮用水专业委员会李复兴教授在接受媒体采访时指出：自来水煮沸饮用并不代表安全，因为水煮沸并不能“杀死”重金属、砷化物、氰化物、亚硝酸盐、有机污染物，比如农药、杀虫剂、合成洗涤剂等有害物质。其实那种认为“自来水烧开可以杀灭水中的细菌和病毒，喝烧开的自来水是安全的”是一个很大的误区。